Fat32 y NTFS fueron creados para monitorar los archivos en un disco duro. Fat, (del inglés File Allocation System) creado por Bill Gates y Marc MacDonald, es el más antiguo de los dos y ha pasado por múltiples cambios desde su lanzamiento en 1977. El número denota el número de bits necesarios para monitorar los archivos. Fat16 fue el estándar durante bastante tiempo hasta que los discos duros de capacidad superior a 4GB aparecieron en el mercado, momento en el que el Fat32 fue creado.
Por otro lado, NTFS es un sistema de archivos nacido a partir del sistema de archivos HPFS usado por OS/2, una colaboración entre IBM y Microsoft. Cuando el tema no salió adelante, algunas de las características de HPFS aparecieron en NTFS cuando apareció en la plataforma Windows NT. Ha sido desarrollado desde entonces y aparece en versiones más recientes de Windows, como XP, Vita y el próximo lanzamiento 7. Microsoft posee la patente de NTFS y por lo tanto no revela ningún detalle relacionado con el sistema de archivos, lo que hizo que los drives NTFS solo funcionasen con sistemas Windows durante mucho tiempo, aunque existen algunas implementaciones Linux que son capaces de accesar los drives NTFS, pero sin resultados notables.
Fat32 es un sistema de archivos muy simplista y sin paja que está además muy bien documentado. En realidad no hace mucho más que monitorar donde están localizados los archivos. Es por esto que ha sido el sistema de archivo elegido por la mayoría de los sistemas de almacenamiento portátiles, como flash drives, mp3 players y tarjetas de memoria.
El sistema NTFS es prácticamente lo contrario, ofreciendo múltiples mejoras que no solo aumentan su desempeño si no también su seguridad. Una de las cuales es la compresión transparente del archivo, que automáticamente comprime el archivo está siendo grabado en el disco. Potencialmente, esto puede liberar algún espacio en el disco, pero los archivos pueden tardar algún tiempo en cargarse. Otra son las cuotas de disco donde el administrador del sistema puede especificar cuánto espacio del disco determinado usuario puede utilizar.
Escoger entre los sistemas de archivos NTFS y Fat32 es una tarea relativamente fácil. Dicho simplemente, NFTS es la mejor opción cuando quieres utilizarlo en un ordenador con sistema Windows. No solo por las mejoras en cuanto a velocidad, sino también por sus múltiples opciones. Sin embargo, no es recomendable para equipos portátil, una vez que la mayoría de los dispositivos y otros sistemas operativos tienen dificultades o son totalmente incapaces de acceder a los drives NTFS.
